La chiesa è a pianta rettangolare con navata centrale e quattro cappelle laterali, su ciascun lato, disposte in successione. Al termine della navata centrale è l'altare principale, datato al XVIII secolo, dietro cui è un'abside rettangolare che ospita la scola cantorum, sull'ingresso è un organo realizzato con parti di organi differenti databili tra il 1752 e i primi anni del 1800. La fu fondata in età longobarda (ca. VII secolo) forse su un tempio pagano-romano, edificata nel suo primo impianto e una chiesa a pianta centrale, descritta accuratamente durante la Sacra Visitatio del 1599, con copertura a tegole e mente affrescata all'interno. La chiesa fu ampliata la prima volta nel 1727, poi nel 1948, quando furono rimossi anche affreschi, e un'ultima volta nel 1967, fino a creare la strutturata attuale, con archi di volta a tutto sesto nella navata centrale che scandiscono le quattro campate. Nelle prime due cappelle, pertinenti l'impianto originario della chiesa, sono dipinti relativi "Il Cristo con Santi" e "Maria con il Bambino e Santi". Tra le cappelle importanti è la terza a destra che custodisce il busto d'argento e bronzo fuso del Patrono San Biagio. L'opera principale e più importante resta comunque il trittico del 1500 di Cristoforo Scacco realizzato con olio su tela e intitolato "Lo sposalizio di Santa Caterina", la cui scena è al centro della pala d'altare con ai lati San Giovanni Battista e San Giovanni detto "il fratello di Gesù". Nella lunetta in alto visibile la Morte della Vergine e in basso l'Ultima Cena, con ai quattro angoli lo stemma di casata del pittore. Dietro l'altare principale è la tomba della famiglia Scacco con annessi stemmi (timone, stella e bandiera a scacchi).
All'esterno è visibile l'alto campanile a forma di parallelepipedo iscritte con dediche a Santi e alla Madonna, oltre al piccolo sagrato a cui si accede mediante una scalinata.
Il portale principale è incorniciato da elementi modanati a rilievo, terminanti in alto con l'immagine dell'agnello e stendardo affiancata da un'iscrizione latina che riporta la dedica a San Giovanni Battista, cui la chiesa è dedicata. Ai lati dell'accesso al campanile e canonica, fatta costruire da Don Giuseppe Di Fazio nel 1976-77, sono un'iscrizione latina che reca il nome dell'imperatore Caracalla e un ceppo miliare dell'imperatore Cesare Marco Aurelio rinvenuto lungo il tracciato della via Appia.