Nel 1209, a seguito della nascita dell'Ordine Francescano molte case religiose vennero fondate dai seguaci del Santo; una di queste, di modeste proporzioni, fu istituita anche a Fondi, proprio negli anni in cui il Santo era ancora in vita.
Tommaso da Celano, il primo biografo di San Francesco, nei suoi scritti racconta che il Santo sostò nel monastero di Fondi durante un viaggio che da Roma doveva portarlo a Napoli.
L'ampliamento della Chiesa e l’edificazione dell'attiguo convento, furono realizzati poi dal conte di Fondi Onorato I Caetani alla fine del 1375. La fabbrica fu compiuta nel 1399. Nel 1477 il Conte Onorato II Caetani fece restaurare la Chiesa con l’annesso convento (come appare dall’iscrizione sull’architrave dell’ingresso della chiesa stessa) e ne affidò la cura ai frati minori, ai quali era stata destinata, fin dall’inizio, la costruzione.
Il portale dell’ingresso della chiesa è in marmo lavorato a stile gotico. Nel basso sia a destra che a sinistra, esistono due piedistalli in marmo lavorato, sui quali sono accovacciati due leoni stilofori. Al centro dell’architrave c’è lo stemma della Famiglia Caetani fiancheggiato dalla data 1477 e dal nome del Conte Onorato I.
Nella lunetta il mosaico raffigura San Francesco con la tortorella, opera di F. D’Urso.
Nell’interno si nota, oltre la navata principale, una navata minore ad archi, ogivali, in fondo alla quale è collocato un caratteristico altare antico. Incassato nella parte divisoria delle due navate, vi è la pietra tombale di un sepolcro romano.
Esisteva nella chiesa un trittico di Cristoforo Scacco, del 1483, scomparso nel 1900, raffigurante la Vergine col Bambino in braccio tra S. Francesco e S. Antonio, e genuflesso il conte Onorato II Caetani che in questa chiesa decise di farsi seppellire.
Notevole il campanile, che deve riportarsi al secolo XIII inoltrato, o al principio del XIV, in specie per la sovrastruttura ottagonale, che regge la cuspide.
Particolarmente interessante, armonioso per le sue linee architettoniche, è il chiostro, costituito da un portico quadrato con 22 colonne ottagonali di pietra peperina, su cui insistono gli archi a tutto sesto sostenenti le volte a crociera della terrazza. Nel mezzo un caratteristico pozzo dell’epoca.
Nella navata di destra l’allargamento e la rimozione di una parete in pietra di ringrosso addossata al pilastro e la rimozione di altro materiale murario nelle aree ad essi adiacenti hanno consentito di comprendere che in realtà si è finalmente intercettata la struttura primaria della chiesa preesistente, la quale era completamente dipinta con cicli di affreschi di periodi differenti, che sino alla ristrutturazione di Onorato II hanno tranquillamente convissuto tra loro. Il pilastro identificato prosegue verticalmente sotto l’attuale pavimentazione, come del resto gli affreschi laterali proseguono sia sulla destra che sulla sinistra dello stesso.
Gli affreschi risalgono all’incirca al sec. XV e vi sono raffigurati una Madonna in trono con bambino benedicente, che fu il primo affresco ritrovato nel 2010; le effigi di due santi francescani; una donna che piange un giovane e nobile defunto; una Madonna del latte e un raggruppamento di soldati con in basso l’icona di un santo.